從責任的角度，承包經營只追求利潤最大化，而阿米巴經營在以培養人才為核心目的的同時，實現利潤最大化。

從權力的角度，承包經營往往握有較大權力，當然，這種權力是他們與企業所有權的代理人博弈出來的，但較大的權力往往導致權力濫用，在企業里形成自私自利的文化氛圍。而阿米巴經營強調系統授權，根據阿米巴的不同級別，分別采取機能量化分權、事業量化分權、聯邦量化分權等模式，確保授權根據責任大小有效區分， 并且根據經營會計報表的量化數據來分權，真正讓權力和責任牢牢捆綁。同時，阿米巴經營還通過事前計劃、事中監督、事后評價的一整套流程系統控制風險，并對經營者的品行和能力進行監控和評價。

從利益的角度，承包經營為了刺激承包人的積極性，往往對承包人利益最大化予以承諾，期望通過承包人經營積極性的調動來調動員工的積極性，但實踐表明，承包人在短期利益的驅使下，往往對員工的利益置若罔聞。而阿米巴經營的理念是全體員工的物質和精神幸福，在利益分配方面，一定是全體員工的共享機制。 

從長短期利益平衡的角度，承包經營往往關注短期利益，急功近利，如短至一年、多至三年的承包期限機制給了承包人追求短期利益的動力。而阿米巴經營在關注短期利益的同時，更加關注長期利益。推動阿米巴經營的企業中樞部門是經營管理部，經營管理部所代表的利益是企業，所站的高度和老板的一致，它在企業的戰略發展規劃下制訂企業的年度經營計劃，并指導各部門按照企業年度經營計劃分解各部門計劃，據此開展經營，當發生短期利益影響和破壞長期利益的現象出現時，則堅決叫停。

從大局觀的角度，部門承包者關注部門利益而不關注企業利益，在局部利益最大化的氛圍下，企業難免出現“諸侯”，關鍵時刻和企業叫板。而阿米巴經營時刻關注企業全局利益，在經營管理部企業年度經營計劃的指引下展開部門經營，在局部利益和全局利益發生沖突和矛盾的時候，局部利益必須讓路。

從資源利用的角度，承包者由于優先保證局部利益和短期利益的實現，往往不顧一切地透支資源，而且各部門之間無法達成協同，造成企業資源的浪費。而阿米巴經營關注全局利益和長期利益， 最大化地協同各單元的行動，為企業整體的利潤最大化而努力，并最大化地合理利用資源。