一看到“獨立核算”，就容易想到事業部制、利潤中心。但是，二者有較大差異。典型的利潤中心，一般在原材料采購、產品開發、制造、銷售、人事管理、流動資金使用等方面享有高度的獨立性和自主權，能夠編制獨立的利潤表，并以其盈虧金額來評估其經營績效，是真正的“諸侯”。

阿米巴作為一種基層組織，其細分的程度可以到工序、產品種類。京瓷六萬余名員工，被分為三千多阿米巴，平均每個阿米巴二十余人。在其上還有課、事業部等，因此權力的當量本身非常小。即使某個阿米巴“經營”不善，也不足以影響大局，盡管這種行為并不被允許。

其次，阿米巴在人事管理方面的權力非常有限。如前所述，阿米巴核算的“單位時間附加價值”（即勞務費+公司利潤）必須大于人力成本，但勞務費是由阿米巴領導以外的因素決定的，上級享有指派人員的權力，否則，阿米巴領導就可能為了提高“單位時間附加價值”而拒絕工資較高的人進入阿米巴。阿米巴在雇傭臨時工（因其勞動不計入總時間，其費用計入經費）方面也不具有隨意性，必須申報上級批準。現在，京瓷等針對制造和銷售的課級以上組織制作了包含勞務費的損益表，計算出稅前利潤，將其作為綜合性的核算管理資料。

第三，阿米巴領導只有得到上司認可后才能負責經營，其權限包括制定經營計劃、業績管理、勞務管理、資材訂貨等，根據銷售目標、生產目標、經費支出目標的實際情況，比對必須完成的計劃，隨時采取必要的措施。但是，阿米巴領導制定計劃的前提是尊重公司高層制定的年度計劃(Master Plan)和事業部的年度計劃，必須與其一致。 

第四，在業績管理方面，阿米巴領導在定價權方面受到多方制約，并不能簡單地追求本阿米巴核算指標最大化。各道工序之間的售價，首先要從銷售給客戶的售價進行倒推，按“利潤=售價-經費”而非“售價=利潤+經費”（成本加成）定價；其次，應該由熟悉各阿米巴工作的經營高層，以社會常識為依據準確地評價阿米巴所需的經費支出和勞動力，并公平地決定相應的售價。例如銷售傭金就被確定為10%。當產品市場價格必須降低時，內部購銷價格也必須下調，以利他之心，考慮公司整體的和諧來行動，這種行動必須要進行史無前例的成本削減。換言之，價格降低，但“提高核算”的原則不能打折。