一般來講，組織劃分得越細，則阿米巴經營模式的推動越深入；但是，也不能說組織的劃分就是越細越好，比如原來銷售按照大區來分阿米巴單元；生產按照車間來劃分阿米巴單元；再往下深入一層，做到銷售按照小組；生產按照工序（班組），則阿米巴組織呈幾何級數增加，大大增加了核算的工作量，而且，在阿米巴理念尚未深入人心的時候，員工因為核算工作量的加大而怨聲載道，增加阿米巴推動的阻力。

此外，阿米巴單元的獨立核算，最大的好處是原來看不清晰的東西通過獨立核算看清楚了，其實就是責任的歸位；但是不是責任越清晰越好呢？責、權、利的統一是配套的，責任清晰了，但權力、利益沒有配套，反而會造成各部門扯皮的增多。阿米巴經營會計報表核算清晰了各阿米巴單元的利潤，制訂年度和月度經營計劃的時候會確立這個利潤目標，這體現了各阿米巴單元的責任；通過績效考核，明確了各阿米巴單元的利益；這時動力機制解決了，但是，如果不給各阿米巴單元放權，審核、審批的流程仍然冗長，屁大點事還是要向上級領導打申請、走流程，不巧的是，上級領導出差在外還不予以回復，這顯然會打擊各阿米巴單元的積極性。所以，要給各阿米巴單元授予一定的權限，以加快工作效率。

而在阿米巴運行過程中真正把它們三者配套好，條件好（管理基礎扎實、人員素質較高）的企業至少需要半年左右的時間，條件一般的企業則需要半年到一年的時間，所以在這個過程中發現人心在變的時候，就是阿米巴推行出問題了，這種狀況的出現阿米巴很容易夭折。